تنطلق رسالة قسم الجغرافيا من حرصها على تزويد الطلبة بالمعارف والمهارات، وتقوية قدراتهم على فهم الظواهر الجغرافية وتحليلها، ووضع الحلول للمشاكل التي تعاني منها فلسطين، مثل التلوث البيئي، والتغير المناخي. كما يعمل القسم على تزويد الطلبة بمهارات استخدام الأدوات والأجهزة والبرامج المحوسبة الحديثة في بناء قواعد البيانات وإدارتها وتحليلها، والتخطيط المكاني للمشاريع التنموية. ويركز قسم الجغرافيا في على أربع محاور رئيسية وهي: الجغرافيا البشرية التي تركز على تفاعل البشر مع بيئتهم، والجغرافيا الطبيعية التي تركز على الخصائص الفيزيائية للأرض، والجغرافيا الاقتصادية التي تنظر في توزيع الموارد المائية والنقل والصناعة، والجغرافيا التطبيقية التي تركز على المهارات العملية لتحليل الخريطة بشكل يدوي.
ويتطلع قسم الجغرافيا الى طرح برنامج ماجستير في التكنولوجيا الجيولوجية والذي من خلاله يستطيع طلبة الأقسام الأخرى مثل قسم تكنولوجيا المعلومات وقسم العلوم الالتحاق والتسجيل فيه، ويهتم القسم أيضا بتدريب طلبته عمليا من خلال تحليل الخرائط يدويا وتنظيم رحلات ميدانية في فلسطين والأردن.